文献解读mNGS在疑似中枢神经系统感染中

近年来，宏基因组新一代测序（mNGS）迅速发展，使其可用于精确医学领域。今天，小编给大家分享一项前瞻性研究，以比较mNGS和常规方法在中枢神经系统感染中的诊断价值。

研究背景

中枢神经系统（CNS）感染是指由各种病原微生物引起的大脑和脊髓炎症（包括脑膜炎，脑炎，脓肿等）。尽管诊断和治疗技能不断提高，但CNS感染仍然是人类发病率的很大一部分原因。及时查明致病因素对于有效治疗的管理至关重要。传统的脑脊液（CSF）培养可以识别出大约30–40％的中枢神经系统感染（包括脑膜炎和脑炎）。近年来，宏基因组新一代测序（mNGS）迅速发展，使其可用于精确医学领域。年，法国在《成人传染性脑炎治疗指南》中推荐了mNGS作为1级证据，以协助中枢神经系统感染的临床决策。但是，大多数先前的研究仅集中于由新型或罕见病原体引起的临床病例。因此，我们在中国大陆进行了一项前瞻性研究，以比较mNGS和常规方法在中枢神经系统感染中的诊断价值，旨在阐明mNGS在中枢神经系统感染中的临床优化。

研究方法

图1研究流程图

研究结果

在名参与者中，有例被诊断出患有CNS感染，其中包括例脑膜炎和34例脑炎患者。在CNS中，有40例患者在进行CSF采样之前未接受过经验性治疗。在所有入组样本中进行mNGS和培养。根据临床需要，对33例患者进行了常规的排除培养方法，其中19例阳性。最终的CNS感染可分为细菌，真菌，寄生虫，病毒，混合感染和未分类感染。非中枢神经系统感染包括自身免疫性脑炎，恶性肿瘤等。表1参与者的基线特征

mNGS检测表明细菌是最常见的潜在病原体（n=61）。确定的前三大病原体是肺炎克雷伯菌、结核分枝杆菌和鲍曼不动杆菌。最常检测到的真菌感染类型是隐球菌性脑膜炎。检测到97种非病原微生物。

图2通过mNGS识别的病原体分布总体而言，在CSF采样之前，无论是否接受经验疗法，mNGS在感染CNS的患者中潜在病原体的检出率分别为34.45％和50.00％。在经过经验治疗的患者中，mNGS的检出率显着高于培养法和传统方法。在未经经验治疗的患者中，mNGS、培养和常规方法的检出率彼此之间无统计学差异。经验性处理将显着降低培养物的检出率，将mNGS与常规方法结合使用，将进一步改善对病原菌的识别。表2不同类型CNS感染中潜在病原体检出率对9例患者进行了重复的mNGS测试，以观察CNS感染期间mNGS的动态监视作用。结果发现，mNGS半定量测序读数与CSF白细胞水平和葡萄糖比率水平之间存在直接相关性。在所有情况下，当患者接受有效的抗菌治疗后，mNGS测序读数在几周内将下降甚至变为阴性，这与同步降低CSF白细胞水平和增加葡萄糖比率相一致。图3mNGS在动态监测CNS感染中的半定量价值

结论

这项单因素研究表明，在CNS感染的患者中，mNGS的潜在病原体检出率总体上优于常规方法，而mNGS和常规方法的互补将显着改善病因诊断。对于接受经验性抗生素治疗的患者，mNGS较常规方法具有明显的诊断优势，但是，随着有效治疗时间的增加，mNGS的检出率将持续下降。本研究还发现，中枢神经系统感染mNGS阳性率与CSF白细胞和蛋白质水平升高或葡萄糖比率降低相关。此外，mNGS可以使用半定量价值分析动态监测病原体负荷和疾病进展。尽管mNGS已显示出诊断临床感染的能力，但仅凭其仍无法取代培养的必要性。将来仍需要进行多因素研究，以探索CNS感染中mNGS的通用标准或指南。

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